小学6年生の木林 樹(きばやし いつき)は、とある理由から理科室のアルコールランプをこっそり持ち出した。次の日、すべてうまくいったと思った矢先昼休みに呼び出しをくらってしまう。先生からはアルコールランプを持ち出した所を見たという生徒がいたと聞かされたが、樹にはそれが嘘だとすぐに分かった。 「一体誰が？ どうやって僕の犯行を見抜いたんだろう？」 不思議に思った樹は、1人捜査を開始する。 ただ一つわかっているのは、その探偵はこの小学校の中にいるということだけだった…… この事件をきっかけに、樹の小学校では不思議な事件が次々と発生する。 こうして犯人たちによる、『探偵探し』が始まった。