全ての国民に記憶射出機構（メモグラフ）の埋め込みと毎日の記憶洗浄（スクリーニング）が義務付けられ、あらゆるストレスとそれに繋がるものが排除された、誰もが心安らかに生きることのできる「記憶管理社会」。そんな社会に少しだけ息苦しさを感じていた中学三年生の黒鉄鋼太は、友人と隠れて読んでいた不良漫画のワンシーンをきっかけにショックで失っていたトラウマの記憶を取り戻し、記憶射出機構を通じて自らの記憶を実体化する能力を持つ具現者（エンボディ）として覚醒する。その身を追われていたところを反政府組織『刻印されし者達』（エングレイブ）によって救出された鋼太は、政府が国民の記憶と思想を意のままに操るこの社会の歪んだ真実を知り、たったひとつ残された父親の記憶を守るため、行方知れずとなった母親を探すため、彼らとともに政府と戦うことを決意する。