脳の使用領域が拡張され、魔法が認知された世界。 日本にある人工島『新東京島』は魔道士を育成する『魔学都市』として多くの子どもたちを受け入れていた。 そんな島に住む天野渚《あまのなぎさ》は、学生同士の喧嘩を諫める少女を目撃した。 『聖女』を自称するエルという少女は、この島に眠る禁断の魔導書を回収しにやって来たと語る。 魔導書の存在に懐疑的な渚だったが、エルを追って島に来た魔道士のクロード・ナグとマリカ・インクレッドと対峙した際に魔法を超える術式・魔術を目の当たりにする。