西暦2058年の未来、人間社会は大きな変革を遂げていた。電脳的仮想世界"アイリス"の登場。ネットワーク世界がより直感的に捉えられるVR空間の登場に伴う社会的インフラの大幅な変化。現実とネットの世界がより複雑に絡み合うそんな時代。主人公の“天海葵”はアイリスの深部にダイブしている最中、厳重なプロテクトがかかった妙なファイルを拾う。 好奇心からそのプロテクトを破りファイルにアクセスした瞬間、葵は突然気を失ってしまう。そうして目が覚めると……可愛らしい少女の姿をした生体ドールに意識が移っていた。 成り行きから、市警の刑事と行動を共にする事になった葵。彼女はさらにアイリス内で謎の少女に"TS-System"を託される。それを駆使して葵はデジタル魔法少女(？)としてアイリスを駆け巡り"ネットワーク世界に潜む悪意"との戦いへと身を投じていく……