2032年。 多元世界理論(マルチバース)が証明され、それを利用した多元世界航行ポータルにより、文明が停滞しつつあった地球人類は多数の並行世界との交流により、地球規模での爆発的な発展を遂げる。 並行世界間同士の移民、全く新しい未知のテクノロジー、魔術、魔法といった超常の技術。 世界では様々な問題が解決され、更なる発展がもたらされた。 しかし、これによりまた大きな社会問題が産まれたのもまた事実であった。 代表されるのは、並行世界の超常的テクノロジーや技術による犯罪、テロ。並行世界との交流が生まれて数十年の間は対策が普及せず、数万人規模の犠牲者を出すテロが多発した。これを重くみた世界各国はそれぞれ進化したテロや犯罪に対応する特別部隊を組織した。 2089年、日本もまた、警視庁主導で特別部隊『ネルガル』を設立し、超常的犯罪の対処に向かわせた。 そして時は2102年。舞台は東京。 『ネルガル』に身を置く少年、蔵間サイトは、テロリストとの苛烈な戦いの中で、苦悩し、失い、そして成長する──