エネルギー革命と大幅な人口の減少により経済規模が縮小し、安定した平和が実現した少し先の未来を舞台に、周囲になじめない少年レイトが個人端末に直接配信されてきたゲーム「シオンズゲイト」をプレイしながら、世界の裏に隠された秘密に迫っていく物語。
この世界を駆動するシステムとはどんなものなのか。レイトはそれを追い求めて選ばれし者が導かれるという「シオン」を目指す。
果たしてレイトはシオンにたどり着くことができるのか。そこに隠された真実とはいったいどんなものなのか。