ジム・ボタンは、見かけ巨人のトゥー・トゥーさんをフクラム国に迎えるため、ふたたび機関士ルーカスとともに、冒険の旅に出ます。船が難破する〈オソロシノ海〉の秘密をとき、砂漠や山脈を機関車で乗りこえ、ついに宿敵、海賊〈荒くれ13〉と対決する二人。そこでジムは自分の出生の秘密を知るのでした……。