警視庁公安部抹消課。日本警察内部に存在しながら存在を秘匿されているその組織は、法で裁けない悪を秘密裏に処理する裏仕事を担っていた。 そこの若きエースである高校二年生・葦原創一は、ある日上司から「学校で部活動に入れ」という不可解な命令を受ける。高校は目立たずやり過ごすものと考えていた葦原は、特に活動のなさそうな「帰宅部」へ入部することに。 だが、彼の通う高校の帰宅部は、「孤独を感じている人たちに帰る場所を提供する」という理念の下、様々な生徒の相談に乗るという活動を行う、れっきとした部活動だった。 そうと知らず部室を訪れた葦原は、美人の先輩部員や腐れ縁の同級生に囲まれながら、奇妙な帰宅部で活動することになってしまう。 バレることは許されない血に塗れた裏仕事と、「帰宅部」を通した青春の謳歌。 相反する二つの日常の中で、葦原は様々な事件に遭遇する――。