昭和６３年。男の子になりたかった祥子は暴力団の抗争に巻き込まれ、瀕死の床で謎のドイツ美女ハーベルトに逢う。二人は異世界軍用列車トワイライト・エクリプスの乗務員（ソジャーナー）となって現実を蝕む異常現象と戦う。行く先々で出会う不思議な文化や習慣の裏には宇宙の滅亡に意義を唱える勢力がいた。異世界列車の終点に恒久平和はあるのか？！