入学する【学園】の健康診断に行くと、山田虎太郎（やまだこたろう）は美少女の姿になっていた。 そんなことありますううう？ どうやら入学できる『男女』の人数に制限があったようだ。 虎太郎は保健室の先生、三上鯛奈（みかみたいな）の【異能】によって、性別を変えられて入学をすることになる。 その【学園】は探偵育成を目的とする巨大な研究機関で、謎解きが日常のミステリー学園。 謎解きを要求されるこの【学園】に入学する虎太郎に、次々と襲う事件や珍事の数々……。 テロ集団にバスジャック、密室デスゲーム？ 危険な罠達。 ブラックテイスティング、エデンの園？ 聞きなれない課題達。 女と男の奪い合い？ 裏切り上等の個性的な仲間達。 入学式とは名目。一発退学を賭けた過酷な洗礼が生徒達の前に阻む。 ゲームの必勝法は……決して『裏切らない』事？