第一部：隔離領域編 街は寄生エイリアン、蛦(ゼノ)の拡散防止のため封鎖されていた。そこに住む少年、トキワと幼馴染みのハネズの2人はふとしたきっかけで蛦に寄生されてしまう。ふたりは駆除班と呼ばれる組織によって、自由と権利を保証する代わりに同じく蛦に寄生された人間との戦いを半ば強いられることになる。 第二部：海上監獄編 トキワたちには、海上監獄での任務が下された。戦ううちに、「被寄生者の収容施設でありながら、インド洋の蛦に対抗する前線基地」である歪な施設に隠された秘密が明かされる。 一方、監獄の内部では収監された被寄生者シズミ、ミア、ロイに怪しい人物が近づき、とある計画を持ちかける。