高校一年生だった篠宮凪（しのみやなぎ）は、ある日トラックにひかれて意識を失った。目を覚ますと、大人の姿になって学園島、通称『アカデミー』にいた。 そこは、生徒たちが中心となって生活を送る人工の島。 大人が少数しかいないために日々起こる問題を、凪は生徒たちと協力して解決していく。