銃弾と腸の飛び散る遺跡の中、一人の少女が機関銃を手に戦っていた。 彼女の名はシェリー。体内燃料である『マナ』を持たないことから迫害された、セルウィーと呼ばれる被差別階級の少女である。 セルウィーは１２歳になると徴兵され、碌な訓練も受けられないまま無人機械『グレムリン』と争う戦場に送られ、使い潰されていく。 死が間近に迫ったその時、シェリーに転機が訪れる。 旧世界の都市で出会ったのは、ツカサを名乗る不可解な存在であった。 肝心なことを話さないが、生き残るため完璧なアシストを行ってくれるツカサのことを信じ、旧世界の科学文明によって作られた特殊な装備や知識によって成長していくシェリーは、いつしか自身を侮り迫害していた者に恐れられるほどの存在となる―― もう一人、この世界に異質な存在が生まれていた。 ７０００年前に起動した人類保全プログラム『ネスティ』によって再構築された人格、当時を生きていた戸張司という一人の技術者だ。 司の思考回路は人工知能であるネスティによって生み出された疑似的なものであったが、彼の知識や科学文明によって作り出された様々な武器は、司が生きていた時代から数度の滅びを迎えた７０００年後の世界には存在しないほど、優れたものだった。 プログラム上の下位権限しか与えられていない司は、生者の居ない旧世界の都市、新宿を自力で出ることすら叶わなかったが、突如現れたセルウィーの少女シェリーとの出会いが、彼に転機を齎すこととなる―― この二人の出会いが、崩壊を繰り返す世界の歯車を少しずつ回していく。