エリートの少女たちによって男子は全員退学に追い込まれ、女子しかいない帝国スパイ養成機関〈クリプトス〉。そこへ編入生の男子生徒エドガーが現れる。二年前に死んだはずの最強のスパイという正体を隠して――。