魔法少女マジカルシュガー、佐藤翔子。 オリジナルを模倣したレプリカの魔法少女。 実験の暴走により14歳から歳をとらず、21歳を迎えた彼女は魔法少女管理事務局に飼われる日々を送っていた。 そんなある日、彼女にノラ魔法少女たちを終了させる指令が下される。 終了ーーすなわち、殺害。 元怪人の青年をパートナーに、翔子は《魔法少女を守るために魔法少女を殺す》魔法少女、マジカルイーターとなる。 何かを目論む局長、魔法少女になれなかった少女たち、逃亡中の母親、謎めいた魔法少女、『マジカルシュガー』… やがて、翔子にまつわる秘密が解かれた時「彼女」は目覚める。