未来が見える魔術師見習いの少年、桐生織はある日、探偵である両親を何者かに殺されてしまう。現場に駆けつけた織も死に瀕するが、そんな彼を助けたのは二人の少女だった。 苛烈なまでの優しさと鮮烈な正しさを併せ持った『殺人姫』、桐原愛美。 二百年の時を復讐のためだけに生きた『魔女』、桃瀬桃。 両親の死の真相を探るため、少女らに導かれた織は、魔術師を育成し、束ねる組織、魔術学院へと入学する。 その中で多くの出会いや別れを経験し、己の弱さを何度も突きつけられる。それでも大切な家族のために戦うと決めた彼に待っていたのは、思いもよらない残酷な現実で…… まだどこにも記録されていない未来を求めて、時を超えた家族の絆が、今試される！