大山理央は平凡な会社員であったが、死亡した後、自分がプレイしていた『聖なる百合園の秘密』というゲーム世界に転生してしまった。その世界では、男と女という性別の他に、オメガバースと呼ばれる第二の性別が存在する世界であった。
オメガとして転生してしまったリオはゲーム中に出てきた〈発情抑制薬〉を求めて〈魔術学院スカルベーク〉へと入学するが、なぜか一年下の後輩・レックスにやけに懐かれて……

※オメガバースBL、独自設定あり
※くそ生意気な後輩アルファくん×平凡な先輩オメガ