社会科見学のため、アメルリア連邦海軍基地へと来ていた中学生たち。バーニィ・キャプリスは、ここで黒髪の少女・マノンと出会う。そして、ひょんなことから極秘の新造原子力潜水艦の内部に入り込んでしまったバーニィら少年少女7人。その潜水艦は、彼らを乗せたまま自動的に出航してしまうのだった。その行き先は、ーー南極。