人類が滅んだ地球を捨て、宇宙に進出して三百年。移民船団のひとつは砂漠と永久凍土の広がる惑星『凍星』にたどり着き、テラ・フォーミングを試みていた。大地はまだ人の住める環境ではなく、人々は地球から乗ってきた船をコロニーとし、空で暮らしていた。 星から産出される希少物質『マテリアル』を採取・販売するため、開拓者たちはギルドを作り、独自の流通ルートを形成している。凍星には巨大な甲殻類と機械を合わせたような謎の生命体『フューネス』が闊歩しており、マテリアルを餌とする彼らと人類の競争が起こっていた。 少女ドリィは空を飛ぶ人型ロボット『飛甲機』オーナーであり、移民船を神と崇める宗教の教祖である母親から式典用の機体『カラドリウス』を奪い、ギルドで独り立ちしようとする。しかし慣れない操縦にドリィは失敗を重ねる日々を送った。 ある日、ドリィは打ち捨てられたコロニーでアンドロイドを見つける。ドリィは壊れたアンドロイドに一人ぼっちの自分を投影し、放っておけないと思い居住区に連れて帰る。 アンドロイドはアインという名前以外覚えていないという。その類稀なる演算能力を見たドリィはカラドリウスの補助コンピュータとして彼女を使うことを思いついた。 そして二人の初出撃で、アインがアンドロイドではなく人型フューネスだと発覚する。 アインはフューネスの本拠地に行って自分のルーツを探りたいと申し出て、ドリィは共に旅に出ることを決意した。 自分の本当の価値を探したい少女と、自分に何ができるかを知りたい少女。二人の奇妙な旅は始まった。