二〇九七年四月、新年度を迎え司波達也と深雪の兄妹は三年生に進級した。魔法科高校の今年の新入生首席は、十師族・三矢家の直系である三矢詩奈。彼女とその幼馴染みにして二科生、矢車侍郎が一高に新たな波乱を巻き起こす!?　一方、南アメリカではブラジル軍がゲリラ掃討のため戦略級魔法を使用、膨大な死者が出る結果となった。そのニュースは世界中の人々に衝撃を与え、各地で反魔法運動が活発化、さらには各国が抱える戦略級魔法師・十三使徒にまで影響を及ぼすことに……。