後に絶滅戦争と呼ばれた戦争において、使用された人工知能と生体機械兵器（バイオニクス・メカニカル・ウェポン）の暴走により、人類は地球という惑星の地表から姿を消した。 わずかに残された人類はその生存の地を地下へと移し、かろうじてその生を繋いでいた。だがその生も、蟲化病という疾患や蟲機と呼ばれる侵攻兵器により喪われていく。 地下の住人のタケルは、その家族であり蟲化病に罹患したミナを治療する方法を探しつつ、蟲を処分するための部隊、蟲殺機関から逃げながら暮らしていた。 蟲殺機関から逃走していたタケルたちは、地下で壊れかかった絶滅戦争時の兵器を発見し、これに乗り込む。蟲殺機関たちが蟲機に襲われているところを一蹴したタケルは、その兵器に名付ける。 殺虫機ムシコロン、と。 ……なおその兵器はタケルのネーミングセンスには納得していない。