深海が好きなアフリカ人ハーフ少女のメルは、試作ボートロイド(人型深海用有人ロボット)マクリールの新米操縦士。ゲルマン人の技師・キースとは仲が悪いが、資源開発の海中基地「Ｄ」のメンバーのサポートを受け、海に潜る毎日を楽しんでいた。だが、海底油田での流出事故が……無人潜水艇での修復を諦めた会社は、まだテスト中のマクリールと深海に不慣れなメルに、深度3000mへの潜行命令を下した。