宇宙歴228年。地球連合からの惑星連合皇国の航宙船に対する衝突が原因で第二次宇宙戦争が勃発。地球連合航宙軍第56高速艦隊所属のマグサ・ウエスギ航宙大佐は自身が艦長を努める重巡【浅間】とともに戦争に参加するも敵の奇襲を受けて木星の人工大陸に不時着してしまう。浅間は大破。航路に存在しない人工大陸をわざわざ通る航宙船もない。通信もできない状態のなか人工大陸の地下で眠りにつく一隻の戦艦を発見する。その船は第一次宇宙戦争で地球連合を救った幻の航宙戦艦大和であった。