ミステリー好きのただの高校生、東野健介は、一つの謎をきっかけに、桜の木の下で本を読んでいた黒髪ロングの美少女、自称レモンと共に様々な謎に巻き込まれていく。 謎と共に進展する二人の関係はいかに…………？ 【第一章：探偵レモンと桜の手紙】 東野健介はミステリー好きの高校二年生。ある日健介は唯一の友人である相原浩に頼みを持ちかけられる。それはいつの間にか彼の机の中に入っていた『話したいことがあります。桜の下で待っています。』とだけ書かれた名前も書かれていない手紙の差出人を特定してほしいというお願いだった。 場所も時間も分からない、手紙の謎にお手上げになっていた健介は野球部グラウンド側にそびえたつ桜の木の下で一人の女の子と出会う。 自らをレモンと名乗る彼女の登場によって手紙の謎の調査はどんどん進展を迎えてゆき―――― 手紙に込められた本当の気持ちは一体なんだろう。