｢悪意｣。それは、誰もが抱える憎しみや怒り、嫉妬などから由来する、黒い心。
時は2050年。悪意を利用し、国家戦争を引き起こそうとする謎の組織｢アノニマズ｣が日本政府に宣戦布告をした。そんな彼らに対抗すべく、自らの悪意を武器として顕現させ、アノニマズと人知れず戦う謎の存在、｢ガイスター｣となったごく普通の高校生、刀田剣斗は、国家を守るため、そして大切な者を守るため、終わりなき戦いに身を投じることとなったー。