新種のウイルスにより異形化した海生哺乳類の出現により、人類が生存を脅かされた未来。『うみうさぎ』と渾名されるそれらを排撃するため、人類種生存を賭けた作戦が実行される。 南極会戦と呼ばれたその異種間戦争から二十年後、戦禍の跡が色濃く残りつつも束の間の平和が訪れた海で作業に従事する孤独な少年。彼は夢を忘れていた。 彼が再び夢を抱いたとき、世界は動き始める。