主人公、ルキ・ロングロードは三人の魔女と冒険し、魔族の国の恐怖の大王である〝魔神〟を倒して英雄になった。 ———いや、英雄なるはずだった。 ルキは自惚れていた。 人類を救った英雄なのだから、これからの人生安泰だと考えて自由気ままに自分探しの旅に出てしまったのだ。 魔神を倒してから十年後———、特に何の成果も得られずに故郷の魔法都市・アルテニアに帰ってきたルキは衝撃の事実を知る。 「俺の名前が世間に広まってねぇ！」 彼の名前は英雄として広まっていなかった。 英雄扱いされていたのは仲間の三人の魔女たちのみ。彼女たちは〝三大魔法少女〟と呼ばれ、国の、いや人類の憧れの的となっていた。 ルキは魔神を倒した英雄だという経歴が世間に全く広まっていないため、いままで何もせずにただ茫然と過ごしたダメ男として認識され、ろくな仕事にありつけない日々を過ごしていた。 そんな中———昔の仲間である英雄・ラフィエルが彼にある話を持ちかける。 「私の学院で、教師として働かないか？」 彼女が学院長として運営している学院は———〝魔法少女学院〟。 女性の方が魔法を上手く扱えると言う女尊男卑の世界で、次代の〝救世の巫女〟を育成しようという男子禁制の女の園だった。 その禁を破ってまでも、ラフィエルはルキを雇おうとしていた。 それは———ただ単純に昔馴染みだからというわけではない。 彼の任されるクラス……担任することになる二年花組というクラスは———〝教師殺し〟と呼ばれる学院始まって以来の超問題児集団だったからだ……。