人類の進化の名目の元、「魔法少女」を育成する進藤化学工業の中に、何も知らない女の子「菅ありさ」が連れこまれる。彼女の不思議な力に目を付けた大人たちによって、ありさは想像を絶する戦いの渦に巻きこまれることになる……。