突如現れたゲートとそこから現れるイーターによって、世界は混乱に陥る。人類はその圧倒的な力に数を減らしていくも、その過程でギアと呼ばれる兵器を生み出した。 しかし、ギアが完成した頃には既に手遅れだった。イーターに対抗するだけの人数がいなかったのだ。 彼らはギアに希望を託し、一匹のネコと共に過去に送り込んだ。ネコはそんな悲惨な未来を回避するため、少女たちにギアを託す。 そして、少女たちは機装少女となってイーターに立ち向かう。傷つき、痛めつけられ、運命に翻弄されながらも機装少女は戦い続ける。 その先に、良い結末があると信じて。