◆始まりの章 古代人に建てられた海底から伸びる広い広いシークルースクールという名の、海の沖合いの学校に入学した六道満は、同期である海鳴王騎、空色鴎、赤居瞳と共に、海底へと進む海底ダンジョンに挑む。 教員である可能正大に指導されながら、トビザメと呼ばれる、海底ダンジョンからのエネルギーに当てられ飛び回る魚達のサメを払い除け、クリスタルハープーンと呼ばれる銛を扱いながら、海底ダンジョンの一階層のスカルと呼ばれる骸骨達と戦い、二階層では迷路に挑む。幾多もの困難にあいながらも、類まれなる才能で打ち破っていき、己を鍛えながら下の階へ進む。 時には一階層で英雄スカルと戦い、その後可能先生の影と生死を伴わない決闘で切磋琢磨したり、骨にヒビが入った鴎と瞳のために金マグロと言われる、これも海底ダンジョンのエネルギーに当てられたマグロで、その骨を焼くとトロトロになり食べると骨が強くなるので釣りに行ったり。 普通では考えられないような冒険を繰り広げながら、生徒間の問題の解決のため女装したりする場面もある。互いの誕生日は盛大に祝う。トビザメの狩ったサイズを競うイベントが新年に行われたりする。ジムで鍛えるのに一トンのバーベルを持ち上げたり。 いつも挑戦を止めない王騎に負けじとくらいつく満。それを補助する、鴎と瞳の女子二人。 満はある時覚醒して、それに気付かずいたが、決闘にて発揮する。 古代人の作ったこのシークルースクールを若き勇者達は攻略していく。何度も同じ階層に潜り鍛えたり、四人で攻略したものを一人で攻略したり。 鍛え上げた肉体を駆使し駆け抜けていく冒険譚。 そうして生きる道を勝ち取って行き、最終的に研究員の資格をとって、更に深部への切符を手に入れた満たちは、恋もし愛し合い、手を取り合って次のステージへと進んでいくことになる。 新たな門出を見送られ、彼らの冒険は続く。 ◆終わりの章 五階層から横に移動し研究町にたどり着いた満達は、雷亜所長に歓迎される。六階層を案内された一行は、柴犬の三頭犬（ケルベロス）に出会う。柴犬のケルベロスは瞳に懐き虎太郎と名付ける。これが異常事態だと言う雷亜は、虎太郎を何とか連れて帰れないか相談するが大蛇が立ち塞がり……。追い込まれつつ罠に落ちた一行はいきなり十階層にたどり着き巨大なケルベロスと対峙する。なんとか振り切り、階を逆走する。六階層以降は、五階層までのように試練が別れておらず繋がっている。六階層まで何とか戻り、研究町へと戻ったのだった。 虎太郎の検査を終え、正常な研究員としての仕事に就いていく満達は、月見月詠に師匠になってもらい、鍛えていく。 様々な試練をこなす満達は、一年後、海上に帰った。そして十一階層で起きたことを可能先生に話す。それは王騎の前世に関係することだった。 ルゥ・ピスト、そう呼ばれていた彼は、トリジア・カートという義姉と共に海賊して旅した前世。結局最後は、二人共海に投げ出され、死んでルゥは王騎に転生するのだが、トリジアも何故か転生していた。 それは大きな人魚姫だった。十一階層から先は前人未到の地。そこからの道標にとトリジアは王騎にもっと強くなるように言ったのだった。そして、強くなった彼らは誰も行ったことのなかった十二階層へと向かう。そこで海神ネプチューンと戦うことになった彼らは虎太郎の血が塗られたハープーンで海神を倒し、願いを叶えてもらう。 王騎は子供を作れるようになり、トリジアも人間に戻った。そして、トリジアから更なる奥があることを知らされる。そして……。 古代人が作ったとされるシークルースクール。その古代人の謎が解ける。実は未来から来た超高度の技術を持った人間で、王騎は元々その未来人が転生する薬を飲んで転生を繰り返した姿なのだという。最期の、不老不死の薬を飲んだ未来人、イヴと会談する。そこには大きな謎の答えがあった。