突然身近にいる人の記憶が薄れ、最期には存在そのものが無かったことにされてしまう謎の現象、消失症候群。 そんな都市伝説がまことしやかに噂される中、何事も無気力な高校生──北瀬在は、幼馴染の五十嵐遥に毎日母親のように叱られながらも、平凡な日々を過ごしていた。 そんなある日、在と遥が在籍している都市伝説研究部兼カメラ部、略して都市研の元に、一人の少女が訪れる。 その少女は在や遥と同じ一年生で名前を藤林萌と言い、幼い頃に消失症候群で消えたかもしれない友達を探してほしいという依頼だった。 その依頼に、都市研の部長である伏見凛々華は興味津々に瞳を輝かせる中、在だけは気乗りしない面持ちで話を聞いていた。 結局遥からも萌を助けてほしいとお願いされ、在ともども消失症候群の調査に乗り出す都市研メンバー。 のちに、消失症候群で消えた萌の友達の痕跡を見つける在達であったが……。 「私のこと、絶対忘れないでね……」 そして、やがて訪れる一番大切な人の消失を前に、在は── これは、そんな消失症候群をめぐる少年少女達の物語。