ロマノフ王朝が満州を経て、日本に落ち延びた現代。公務で函館に来ていたロシア帝国亡命政府皇女、アナスタシア・ニコラエヴナ・ロマノヴァ五世は、ソ連の工作員による爆殺でボディーガードを失い第二次世界大戦で結ばれた休戦協定の破棄を通告される。皇帝に即位したアナスタシアは、筑波大学附属駒場高校の同級生で三枝警備保障から派遣されたボディーガードの甘粕忠彦と、その幼馴染で男装少女の三枝ひそかに守られながら学校生活を送っていく。ひそかはソ連隊を指揮するアンナ・アレクサンドロヴナ・ベリンスカヤ少尉補と接敵し、銃撃戦の末に警告を残して亡命政府へと戻る。日ソ国交正常化と日露国交断絶が迫る中、逃げ場を失ったアナスタシアを護るため、忠彦とひそかが取った行動は――