“グレイマン（人目につかない男）”と呼ばれる暗殺者ジェントリーは、かつてＣＩＡ特殊活動部で極秘任務を遂行していたが、突然解雇され、命を狙われ始めた。それ以来、彼は刺客の群れと死闘を繰り広げてきたが、ついに今、反撃に転じる。ＣＩＡが抹殺を図る理由を突き止めるべく、故国アメリカに戻ってきたのだ。が、それを知ったＣＩＡ国家秘密本部本部長カーマイケルは、辣腕の女性局員を配下に入れて、グレイマン狩りを開始する！