SCP財団に勤務する紅凜と九条。普段と変わらず過ごしていたが、ある事件をきっかけに平行世界に飛ばされてしまう。 向こうの世界でもSCPは存在していたが、SCP財団は無かった。人類の危険を感じた二人は財団を結成し、SCPの収容を行う事に…。