時は現代。主人公、江口謙（えぐち けん）はごく普通の高校生。無口な親友、上田滋（うえだ しげる）と平凡な日常を送っていた。 ある晩、謙は不思議な夢を見る。夢の中で自分は兼成（かねなり）と名乗り、更姫（さらひめ）と言う美しい娘に好意を寄せていたのだ。 数日後、クラスに転校生がやって来た。彼女を見た謙は驚愕する。彼女は夢の中で見た更姫に瓜二つの美少女だった。名前は井原椿。井原が現れた事で、謙は以前にも増して夢を見るようになる。そして、親友の上田滋も同じような夢を見ていると知らされ、おまけに更姫は何者かに殺害されていたと聞かされる。 これはただの夢なのか、それとも自分の前世なのか。 ある晩、謙は夢の中で『歴史は繰り返される。今度こそ更姫様をお守りしろ』と呼びかけれらる。姫に瓜二つの井原椿が何者かに殺されると思った謙と滋は、殺人を未然に防ごうと犯人を捜す。 数百年前、彼女を殺したのは誰か？ そして現在、彼女を殺そうとしているのは誰なのか？ 『誰が彼女を殺したのか』のタイトル通り、ラストで解き明かされる真実とは。