悪を倒し世界に平和を取り戻したはずの人類と魔法少女を待ち受けていた運命とはーー。 突如として人間界へ降り立った悪魔の攻撃から、人々を守る１２人の魔法少女達。 彼女らは多くの犠牲を払いながらも、悪魔側のトップである『リル・デューク・サタン』を強力な封印術で討ち取る事に成功する。 その甲斐もあり、悪魔と人間の戦い『終末戦争』は人類側の勝利として幕を下ろした。 それから時は流れ遠い未来で目を覚ましたリルは、かつての魔法少女と人類達が後世へ残した恐るべき遺産を目の当たりにする……。 そんな中リルは、幼くして両親を亡くしたった１人で森の中で暮らす人間の少女と出会う。 それは新たな物語の始まりであった。