人類の暮らしは新物質『エクリプス』の発見によって科学技術の発展をしていった。
エネルギー問題から解放され、人間は逃れられなかった『死』からも解放されようとしていた。

だが、そんな世界は巨大地球外生命体『神兵』の襲来によって一瞬にして壊滅させられた。

そんな人類の脅威と戦くべく作られた対神兵用決戦人型兵器『エクリプシオン』

その兵器に乗ることになった臆病な少女　ユイ

戦いのために生まれてきた少年　ザックスとの出会いが物語を加速させていく。

少年少女たちが戦う先にあるのは希望か絶望か