平成最後の夏休み最終日の夜。

学校のプール施設に忍び込んでひと泳ぎしようと考えた中学二年生の鎌倉健（かまくらたける）は、その屋上に未確認飛行物体が浮かんでいるのを発見する。また、遊泳中に謎の少女と黒服の男と出会う。

翌日。その少女は明星瀬都奈（あけほしせつな）と名乗り、転校生として姿を見せる。

彼女曰く、あの未確認飛行物体は僕と瀬都奈にしか認識できないという。そして、それは自分が乗ってきたタイムマシンだと、そう言ったのだった。