とある客船の航海士だった主人公は海難で命を落とした。 しかし目を覚ますとそこは１５４０年代の瀬戸内海？！ 兄は村上水軍最盛期を築くこととなる村上武吉。 本来は存在しなかったはずの次男として生きる主人公。 しかし、時代は残酷であった。 いくつも襲い掛かって来る困難。 出会い、別れ、死、生。 数多の困難を超えて彼は生きていく。