東京湾に浮かぶ海上都市、第二東京ポートタウン。第二の東京と呼ぶに相応しい賑わいを見せていたこの町で、大規模なバイオハザードが発生する。町に以前までの面影は無くなり、瞬く間に死者が蠢く町へと変貌してしまった。その原因を究明する為に送り込まれた警察や自衛隊からの連絡は、次々と途絶えてしまう。為す術を失った彼等に代わって動き出したのは、公的機関とは何の関わりも無い女性と少女達であった。