東京の地方都市で暮らす陰陽師の末裔である少年・天道寺天真。 彼は祖父が亡くなったその日、自宅の見知らぬ一室で眠っている少女と出会う。 目覚めた少女にキスをされた天真はその場で意識を失い、気がつくと何者かに拉致監禁されていた。 天真を拉致したのは陰陽連と呼ばれ、謎の敵性体・災鬼と戦うために結成された組織だった。 陰陽連が保有する巨大人型式神・天刻のオウガ――、そのパイロットに選ばれた天真は世界の命運を左右する未曾有の戦いに巻き込まれていくことになるのだった。