街から外れた、とても辺鄙な場所にある村『里桜村』。そこには村が唯一誇る大きな一本桜があった。 村のシンボル的なその桜が、中学二年生である染井桜季は大好きだった。 桜季は転校してきたばかりである同じ中学二年生、羽鳥遊羽を桜の元へと案内するが、彼らはそこで一つの遺体を発見する。そして、遺体のそばには謎の手紙が置かれていた。