「貴方は生まれながらにして選ばれた者。運命的に?はたまた細胞的に?まぁ、どっちでもいいけど。とりあえず、あなたは今進化した」 ある日、不慮の事故により命を落とした青年、神原雄二が甦った。 またある日、渡上遥は同窓会のメンバーの一人が溶解するという現場に居合わせる。恐怖によりその場から遠く離れたところに来た時、遥は異形の存在グレイドルに襲われる。 グレイドルは必死に逃げ惑う遥を追い回すかのようにいつまでも追いかけ続けついに遥をその手にかけようとした。その時、一人のライダーがグレイドルの攻撃を防いだ。 ヘルメットを外し、素顔を見せたその者は遥が同窓会のメンバーとの待ち合わせ場所に向かう途中で訪れた食堂で出会った青年、天城翔であった。 「下位種のグレイドルか……」 遥はいまだ知らなかった。 すでにこの世には異形の物が潜んでいるという事を。D-ファクターと呼ばれる魔法使いたちが、いるという事を。 今、神を生み出す進化の戦いが始まる！