その高校の図書室には『図書室の番人』とも称される図書委員がいる。本の敵に容赦をしない苛烈さとあらゆる謎を解き明かす推理力を持った女子生徒、夜坂斬鴉。 中学のとき斬鴉に助けられた古町光太郎は同じ図書委員として、図書室で起こる謎と事件を解決しようとする彼女を手助けしていく中で、斬鴉のある秘密を知ることになり……。