《語り手》の少年、宮無キズキは、三年前その能力を失い、職場をお払い箱となって故郷である弓島に帰郷する。そこで、人類の敵ＩＦと戦う少女、ニアと出会う。ニアは《読み手》の少女であり、物語を喰うことで異能を発揮する。キズキはネイキッド部隊《ライブラリ》部隊長、明石依織に、ニアに物語を装填せよと命じられる。装填に苦労するが、ＩＦを撃破。変わり果てた故郷の島で、彼の新生活が始まった。 ネイキッド養成学校、白弓学園に転入した彼は、玉坂コダマ、そして謎の美少女・綴クオンと知り合う。クオンは「探しものを手伝ってあげる」と言う。キズキは、かつて共に春の日々を過ごした少女、天色宝を捜していた。 依織の策略により、同じ部屋で共同生活を始めることになるキズキとニア。しばしの蜜月と、驚異的な戦果。しかし、それは同時にキズキの命を削ってもいた。それに気づいたニアは、キズキを遠ざけ始める。ある日、宝を捜していたキズキは、偶然出会ったクオンとともに隠された空間を発見する。キズキは宝へ繋がるヒントを得、またクオンも自らの目的に目覚める。 その日から、学園内にて語り手が次々と再起不能になる事件が起き始める。疑われるニア。ニアは部屋にも帰ってこなくなり、コンビも解散か、と思っていたある日、学園の図書館にてニアに再会、互いを理解しかけた直後、ニアが虚無化。キズキはニアの存在を忘れてしまう。平穏だが空虚な日々が始まる。 四月最後の日、キズキはニアを思い出し、学園地下に存在した物語編纂器《アーカイヴ》により、この島と自らのルーツ、そして天色宝の秘密を知る。天色宝の成れの果てがニアだというのだ。正体を現したクオン。クオンは、ニアの肉体と自分の能力があれば天色宝を復活させられると言う。だが、キズキはこれを拒絶。かつての自分と宝の嘘により生まれた強力なＩＦであったクオンと激闘。苦戦するが、ニアと二人で物語を編んでクオンを撃破。 そして新しい世界が始まる。