科学と機械工学が卓越した世界。その影響から人類は地球圏と月圏の二つに分かれ、数多の戦乱を巻き起こしていた。 しかし、その争いも長くは続かなかった。突如現れた未確認生物ＭＣの出現により、地球軍は愚か降り立っていた月軍まで壊滅状態になり、人類は未曾有の危機に晒された。 そして人類とMCによる新たな抗争が始まり、十年の月日が流れた。 少年・東雲朝比は高校に入学して早々に普通科から人類最後の希望、全長八メートルの鉄の巨人『機構人』を操るパイロット科に転科することになった。 朝比はパイロット科のある学園島に向かうため連絡船に乗船し、不思議な少女――アオノリンと出会う。 次の瞬間、連絡船がMCに襲われ、危機的状況に陥った時、朝比はリンから純白の機構人『白式』を受け取るのだが――