サンフランシスコ近郊のバークレー小学校に通うコーディは、暗号をとくのが大好き。いつも《暗号クラブ》のクイン、エム・イー、ルークといっしょに、パズルや暗号をつくったり、謎ときゲームを楽しんでいる。 ある日、おむかいのガイコツじいさんが住む屋敷が火事になった。じいさんは意識不明の重体で病院へ。屋敷の窓わくには、4つの記号がのこされていた。そこへ現れた、あやしげな二人組。 暗号クラブの4人は、ひそかに活動を開始する。暗号がしめすのは、財宝のありか?　それとも――。