月が落ちてくる。正体不明の『敵(エネミーズ)』の攻撃を受け、人類の滅亡はもはや秒読みだった。そこに現れたひとりの少年。彼は戦地に身を投じ、世界を救い、姿を消す。人類は彼を救世主と呼んだ。3年後。特級戦闘要塞都市『アラヤシキ』にて記憶喪失の少年･神代カイルが保護される。彼は神か、悪魔か、それとも救世主か?『文豪ストレイドッグス』原作者が描く、SF冒険譚ここに開幕!