츠쿠미하라 학원에 다니는 키시나미 하쿠노의 일상은 얼터 에고들에게 무너졌다. 자신의 서번트 캐스터를 다시 불러낸 하쿠노는 옛 라이벌들과 이변의 원흉인 사쿠라 미궁 공략에 나서는데──. 「Fate/EXTRA」에서 파생된 또 하나의 「Fate/EXTRA CCC」. 기지이자 미지인 이야기가 지금 시작된다──.