C.E.70、ザフト軍と地球連合軍との戦端が開かれてから11ヶ月。中立国オーブのコロニー・ヘリオポリスに暮らす少年、キラ・ヤマトは、地球軍が開発した五機の新型ＭＳを狙うザフトの奪取作戦に巻き込まれる。彼の前で次々と奪われていくＭＳ……だが残された最後の一機、X105ストライクガンダムにキラが乗り込んだ時から、運命は急加速を始めた！